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研究解析RNA深度测序分析方法

  研究分析RNA深度测序分析方法

  清华大学国家生物信息学研究所的研究人员发表了一篇题为“使用非均匀读取分布模型改进RNA-Seq中的亚型表达推断”的新研究论文,该论文解析RNA深度测序分析方法和结果发表在“生物信息学”,生物信息学权威期刊,并在“科学观察”新闻网站的“快速突破论”本研究由清华大学张学功教授和王晓玲博士完成。张学功教授现任清华大学信息科学与技术国家重点实验室生物信息学部主任。他的研究兴趣包括生物信息学,计算功能基因组学,科学与系统生物学,疾病基因组学。新一代测序技术也称为深度测序技术,其特点是测序通量高,测序时间和成本显着降低,以及将这种高通量测序技术应用于RNA,即转录本类型经受高使用深度测序技术进行通量定量测定,统称为RNA-seq或RNA测序。随着新一代高通量DNA测序技术的迅速发展,RNA测序(RNA-seq)已经成为基因表达和转录组分析的重要手段。 RNA测序也是分析同一基因的基因型的有效方式。这种分析需要对模型进行一些修改,特别是当RNA序列数据不均匀分布时。可以使用非URD(N-URD)模型来推断亚型的表达水平。通过一系列系统的模拟研究,研究人员证明,该模型超越了原有模型,可以恢复主要亚型,表达型比例。后来,研究人员进一步将这一新模型应用于RNA测序数据库,发现使用该模型得到的可变亚型表达比率的推论分析更为合理,这些都表明N-URD模型可以提高亚型的准确性表达建模和RNA测序推理。近年来,清华大学对RNA测序进行了大量的深入研究。例如,其提出的分析和分析软件DEGseq的方法是世界上最早的这种分析方法之一,并已被国内外许多实验室所使用。除此之外,Bioinformatics最近还发布了另一项新的miRNA测序研究:来自特拉维夫大学的研究人员开发了一个名为“miRNAkey”的软件。软件在健康和疾病组织中搜索microRNA,以促进科学家对深度测序数据的理解。利用miRNAkey软件可以快速准确地分析深度测序数据,从而更好的了解疾病的行为,并利用这些信息建立个性化的治疗方法,有可能开发一种特异性靶向受损细胞药物。 Illumina公司还提供RNA测序服务,Genome Analyzer系列也可用于RNA测序,目前小规模RNA测序可用于捕获物种全miRNA图谱来实现,包括发现新的miRNA分子,预测和鉴定目标基因,样本间差异表达分析,miRNA聚类和ex压力分析。 (来源:张迪生物)
 

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