快捷搜索:

版纳植物园开发出一项植物DNA短序列测序新技术

  香蕉植物园开发了一种新的植物DNA测序技术

  来源:西双版纳热带植物园发布时间:2010-03-04在以往的研究中,大部分的分析都需要预先组装好比较基因组测序的短片段(short read sequence,SRS)进行DNA序列作为参考,这在一定程度上制约了这些数据在生物信息学研究中的发展。最近,香蕉植物园生态进化团队的Cannon教授及其团队发明了一种新的研究方法,不需要事先组装来分析测试数据中某些“复杂”基因片段的存在和频率,探索序列给定数量的目标基因组的差异。这项研究发表在“分子生态学”的分子生态学的顶级课题“分子生态学”上。
Cannon教授将9种群体的大量数据的多样性与基因组的截面水平进行比较,并使用已知的三种基因组数据作为对照数据来确定测序反应的质量和分配偏差。该方法定义了三种主要类型的富含生物信息的复杂DNA片段,每种片段都有自己特定的统计特性。第一种类型的复合片段对于特定的基因组具有独特性但是假阳性的高概率,并且高度依赖于测序覆盖和分布。第二种类型的复合片段对于两种基因组都是共同的,并且显示拷贝数的潜在差异;第三个复合片段由一些基因组共享,并与物种的形态和地理差异有关。因为这种方法不需要事先组装,所以可以分析大量的数据,极大地促进了短序列技术在非模态生物学中的应用,为进一步的基因组组装和筛选提供了一种新的方法。这项研究也显示了这项技术的实际应用。例如,我们可以在人口水平上找到大量的濒危物种的遗传标记,这些遗传标记可以确定单个木材的来源,规范国际木材贸易。突破性的新一代DNA测序技术为热带森林生态学和进化研究提供了一个新的平台,坎农研究教授是基因组学在植物功能进化和适应气候变化方面的应用XTBG,物种多样性和共存性,以及保护亚洲极度濒危的热带森林的自然资源。教授现在(2007年7月开始),博士生导师,长期从事东南科技园区森林生态研究工作,担任云南省专职研究员,2009年进入高端人才计划。点击

您可能还会对下面的文章感兴趣: