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我国科学家完成普通野生稻全基因组框架图谱绘

  中国科学家完成了普通野生稻基因组图谱的绘图

  2010年8月,中科院昆明植物研究所植物种质资源与基因组研究中心,中国科学院“百人计划”高立志教授领衔的植物种质资源,基因组学与生物信息学与第一批高端科学家技术人员云南省技术人员利用基于高性能超级计算机的新一代高通量测序技术和生物信息学分析技术,历时一年的野生稻全基因组测序取得了里程碑式的进展,已成功完成野生稻基因组的测序,拼接和组装,获得了O. japonica的全基因组测序框架,基因组测序已达到国际水平,是全球第一个全基因组测序方案中国科学家自主完成的中国野生稻和第一个完整的野生稻高基因组图世界上的杂合。该项目的建成主要依托中国西南野生生物种质资源库的高级基因组学和生物信息学平台,该平台已通过国家大型科技项目,于2009年底通过国家验收。测序工作主要由Solexa GA II,第二代高吞吐量测序仪。生物信息学分析依靠种质库建立的“中科院超导中心西南分院”10万亿次/秒的计算能力,512GB大内存节点和100TB存储超级计算机平台。水稻全基因组是一种454测序技术,利用高通量,低成本的第二代Solexa测序技术对不同长度的鸟枪库进行测序,并构建更长的片段文库;该项目还完成了多重454测序组织转录组测序工作,为基因组提供了准确的参考。有研究表明,野生稻基因组大小约为3700000000个碱基对,共包含约4万个基因,测序深度已达基因组大小的70倍,测序结果已覆盖野生稻基因组的92%,基因覆盖率约为90%。目前,项目组正在加紧绘制普通野生稻基因组精细图谱。该项目的建成得到了云南省自然科学基金,云南省高端科技人才项目,中国科学院“百人计划”优秀海外人才优先支持项目和中国科学院定向重点项目。云南是亚洲栽培稻遗传多样性的中心之一。云南省普通野生稻全基因组框架图的建成将极大地推动云南省野生稻资源的研究和利用。
 

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